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民國三十年（1941 年）十二月八日，太平洋戰事爆發，是月廿五日港九全部淪陷，本校事前經被英政府徵封為後備警察隊之用，結果未及佈置，而敵軍已大舉轟炸，迨敵軍佔據九龍 後，本校一部份校舍，被日軍波字第八一一五部隊佔據，本校處於敵騎之下，不甘附敵，遂實行停辦。是時正校業經遷澳，乃遣全體職員遷澳工作，港方校舍僅由羅 覺先、宋新明兩先生留守，備嘗艱險，至全校被敵軍佔據，終被逼遷出，而全校校具圖書儀器均被敵人佔用或破壞，損失慘重，非可統計。此為本校暫告停頓之時 期，而全體職教員在此非常時期避難澳門，仍能克苦耐勤與惡劣環境奮鬥，使教育事業能維持於不墜者，實創校史光榮之一頁。

三十一年（1942 年）六月楊校長因事辭職，校董會聘趙恩賜先生繼任。