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自七七事變後，我國抗戰序幕展開，黃校長於奔走宣傳救亡之餘，念教育為國家命脈，不容停頓，以廣州市時受敵機威脅，為維護學子安全起見， 於民國廿六年（1937 年）八月遷移廣州正校於鶴山縣城，翌年又遷澳門而本校則擴辦高初中，除繼續上課，勵行抗戰教育，儲備抗建人材外，尤致力後方抗建工作。未幾，廣州淪陷，內 地難民淪落港澳，苦狀日增，其中難童及無力繼續學業之青年為數甚眾，值廿七年（1938 年）秋，兩廣浸信會聯會代表舉行於香港，黃校長遂倡議組織兩廣浸信會國難服務團，選派人員分赴內地從事救濟，救護事宜及宣傳抗戰工作，迨後淪陷區青年遷港 澳者益眾，其中因破產而至停學者亦不少，黃校長視此為抗戰建國前途最堪痛惜一事，故特定由廿八年（1939 年）度起舉辦國難免學額，中學高初中學暨本分校各佔五十名，共一百五十名，以濟失學，更因內地難童，隨家遷港澳者日多，後立意籌設難童完全免費學校，正在 規劃進行，詎以積勞致病就醫香港寶血醫院，竟於廿八年（1939 年）四月十六日逝世，噩耗遍傳，各界人士同聲一慟，黃校長殫畢生之精力，主持我校，凡二十一年，獻其終身於教育事業，桃李滿門，一時鼎盛，歷年來人材造就 之眾，自不待言，即其對國家社會人?之貢獻，亦殊不鮮，是則黃校長之逝世，匪獨我校之損失也。

黃校長逝世後，本校校董以繼任人選，應審慎選任，先行開會決議，在新任校長聘定前，暫請由事務主任鄺樂生先生署理校長，以維校政。經校董會縝密考慮，於是年五月下旬舉行會議，議決聘任楊元勳先生為本校校長，六月一日新任校長楊元勳先生蒞校視事，並舉行就職典禮。

二十九年（1940 年）十月十六日，校主任麥會華先生逝世，麥主任服務本校二十餘年，對校務多所擘劃，溘然長逝，傷悼同深，遺缺當即由校董會決議聘請鄺樂生先生繼任。

是年秋，初中部主任馮棠先生奉校董會派赴美國再求深造，馮主任奉命後於是年十月三十日啟程。